ภายในศูนย์พักพิงสุนัขมีบริเวณกว้างขวางกว่า 231 ไร่ เพียงพอต่อการรองรับสุนัขได้ถึง 8,000 ตัว ประกอบด้วยสำนักงานอำนวยการ อาคารคอกสุนัขรวม อาคารคอกสุนัขเดี่ยว คลินิกสัตวแพทย์ ลานแสดงของสุนัข โรงเก็บอาหารสุนัข เรือนเพาะชำ อาคารหนึ่งตำบลหนึ่งผลิตภัณฑ์ บ้านพักสัตวแพทย์ และบ้านพักเจ้าหน้าที่ นอกจากนี้ ยังมีการฟื้นฟูสุขภาพและฝึกฝนพฤติกรรมหลักสูตรเชื่อฟังคำสั่งเบื้องต้นให้กับสุนัขจรจัดที่มีบุคลิกลักษณะ พฤติกรรม และสุขภาพดี เพื่อเพิ่มคุณค่าให้กับสุนัขจรจัดและส่งเสริมให้ประชาชนเข้ารับอุปการะสุนัขดังกล่าวอีกด้วย  (คลิกที่นี่... เพื่อดาวน์โหลดแบบฟอร์มขอรับอุปการะสุนัข)

        สำหรับการบริหารจัดการศูนย์พักพิงสุนัข มีการจัดทำข้อตกลงร่วมกันระหว่้างกรุงเทพมหานครและจังหวัดอุทัยธานี โดยกรุงเทพมหานครได้ขุดบ่อน้ำบาดาลเพิ่มเติม เพื่อให้มีน้ำเพียงพอต่อการใช้งานโดยไม่ใช้แหล่งน้ำจากท้องถิ่น จัดทำบ่อบำบัดน้ำเสียสำหรับคอกสุนัขทุกคอกและทุกอาคาร กำจัดซากสุนัขด้วยวิธีขุดกลบฝังซึ่งจะทำให้ไม่มีสารพิษตกค้างและอันตรายต่อท้องถิ่น มีการใช้น้ำยาฆ่าเชื้อโรคและการดับกลิ่นเป็นประจำทุกวัน มีการจ้างงานเจ้าหน้าที่เฉพาะจากบุคลากรในท้องถิ่นเท่านั้นกว่า 85 คน และยังให้บริการทางคลินิกสัตวแพทย์สำหรับสุนัขและแมวของประชาชนในท้องถิ่นโดยไม่เสียค่าใช้จ่ายอีกด้วย